Перед началом публикации проекта нужно сохранить все группы каналов, находящиеся в пуле (.cgr файлы) с помощью команды Save All, в левом нижнем углу экрана. Далее, можно воспользоваться командой File>Publish, при этом тебя спросят о типе публикации и о задействуемых в публикации файлах, где ты обязательно должен обозначить галками все .cgr группы каналов, с которыми работал в Квесте. Только что пробовал публиковать .exe файл в папку отдельную от .cgr, тем не менее, указав в хранящей их папке галками нужные группы - все работает.
Если ты разобрался с этими действиями и проблема не решена, попробуй найти четвертую версию  и попробовать с ней. Удачи.